Actores del sistema de cooperación que desarrollan actividades de docencia, investigación, difusión de la ciencia, extensión de la cultura y generación de conocimiento en general. Dependiendo de su naturaleza y sus capacidades pueden ser donantes o receptoras de recursos; se trata de uno de los participantes más activos dentro del sistema de cooperación por enfocarse en el desarrollo del capital humano, a través de capacitación de expertos, intercambio de estudiantes y de investigación sobre temáticas específicas vinculadas al desarrollo, la ciencia y la tecnología.
| Asociación Nacional de Universidades e Instituciones de Educación Superior (ANUIES) |
| Asociación Universitaria Iberoamericana de Postgrado (AUIP) |
| Asociación de Universidades Amazónicas (UNAMAZ) |
| Asociación de Universidades Latinoamericanas y Europeas (COLUMBUS) |
| Benemérita Universidad Autónoma de Puebla |
| Centro Interuniversitario de Desarrollo (CINDA) |
| Centro de Calidad Ambiental del ITESM |
| Centro de Investigación de Desarrollo Internacional (IDRC) |
| Centro de Investigación en Óptica |
| Centro de Investigación y Asistencia en Tecnología y Diseño del Estado de Jalisco |
| Centro de Investigación y de Estudios Avanzados (Cinvestav) |
| Colegio de Postgraduados en Ciencias Agrícolas |
| Consejo Latinoamericano de Ciencias Sociales (CLACSO) |
| Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT) |
| Consejo Superior Universitario Centroamericano (CSUCA) |
| Consejo Universitario Iberoamericano (CUIB) |
| Consorcio para la Colaboración en la Educación Superior en la América del Norte (CONAHEC) |
| Convenio Andrés Bello (CAB) |
| Corporación Universitaria para el Desarrollo de Internet (CUDI) |
| El Colegio de México |
| El Colegio de la Frontera Sur |
| Grupo ESA |
| Indian Institute of Technology, Kanpur |
| Institut National Polytechnique de Toulouse |
| Institut Pasteur |
| Institut de Recherche pour le développement (IRD) |
| Instituto Nacional de Ciencias Aplicadas de Toulouse (INSA) |
| Instituto Politécnico Nacional (IPN) |
| Instituto Tecnológico Autónomo de México (ITAM) |
| Instituto Tecnológico de Estudios Superiores de Monterrey (ITESM) |
| Instituto Tecnológico de Nogales |
| Instituto Tecnológico de Toluca |
| Instituto de Investigaciones Dr. José María Luis Mora |
| Instituto de Investigaciones Sociales (IIE-UNAM) |
| London School of Economics and Political Science |
| Organización Universitaria Interamericana (OUI) |
| Organización de Universidades Católicas de América Latina (ODUCAL) |
| Peace Scholarship Trust |
| Programa Nacional de Posgrados de Calidad (PNPC) |
| Sistema de Centros Conacyt |
| Stanford University |
| The University of British Columbia |
| Universidad Autónoma Metropolitana (UAM) |
| Universidad Autónoma de Campeche |
| Universidad Autónoma de Chiapas |
| Universidad Autónoma de Querétaro |
| Universidad Autónoma de Tamaulipas |
| Universidad Autónoma de Tlaxcala |
| Universidad Autónoma de Yucatán |
| Universidad Autónoma de la Ciudad de México (UACM) |
| Universidad Juárez Autónoma de Tabasco |
| Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) |
| Universidad Tecnológica de Ciudad Juárez |
| Universidad Tecnológica de Coahuila |
| Universidad Tecnológica de Matamoros |
| Universidad Veracruzana |
| Universidad de A Coruña |
| Universidad de Colima |
| Universidad de Sonora |
| Universidades públicas |
| Université Lille 1 Sciences et Technologies |
| Université Montpellier |
| Université Paris 12 |
| Université Paul Sabatier Toulouse III |
| Université de Savoie |
| Université de Toulouse |
| Université de Toulouse 2-Le Mirail |
| Unión de Universidades de América Latina y El Caribe (UDUAL) |
| Yale University |
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